次氯酸水能殺滅各種微生物，包括細菌繁殖體、病毒、真菌和芽孢等。應用懸液殺菌試驗，消毒劑與菌懸液比例為100：1時，有效氯含量為50mg/L的次氯酸水，在室溫下對彎曲桿菌、大腸桿菌、綠膿桿菌、金黃色葡萄球菌、MIRSA、白癬菌、革蘭氏陰性需氧桿菌的殺滅時間均小于15s；在40℃時，對黑曲霉菌、枯草菌黑色變種芽孢的殺滅時間小于30s。同樣在室溫條件下，有效氯含量50mg/L的次氯酸水15s即對流感病毒、諾如病毒滅活。添加有機物的懸液法定量殺滅試驗，有效氯含量200mg/L的次氯酸水10min-20min對枯草菌黑色變種芽孢的殺滅對數值大于5。