次氯酸消毒劑效果受有機物多少、使用消毒劑濃度、溫度等因素的影響。消毒對象體系中的有機物多，殺菌效果相對降低；消毒劑濃度增加、溫度升高，均能使其殺菌作用增加。在未添加有機物的條件下，懸液殺菌試驗，有效氯含量50mg/L的次氯酸消毒劑在20℃~25℃、3min對枯草菌黑色變種芽孢的殺滅率達到99.99%以上，在40℃時，同樣有效氯含量的次氯酸水達到相同的效果僅需30s；而60mg/L的次氯酸消毒劑在35℃，1min可以達到同樣的殺滅效果。